Γεννήθηκε στο Κιτσμπύελ, ένα χωριό στο Τυρόλο, στις Αυστριακές Άλπεις. Ο πατέρας του, Άντον Χουμπέρτους Ζάουπερ είναι συγγραφέας και ζωγράφος. Η μητέρα του, Μαρία, είναι τραγουδίστρια που συμμετέχει περιστασιακά σε ανθρωπιστικές αποστολές στα Βαλκάνια. Ο Ζάουπερ έχει ζήσει στη Μεγάλη Βρετανία,την Ιταλία, και τις ΗΠΑ, ενώ εδώ και 20 χρόνια ζει στη Γαλλία. Σπούδασε κινηματογράφο στη Βιέννη (Πανεπιστήμιο Παραστατικών Τεχνών) και στο Παρίσι (Universite Paris VIII). Η πτυχιακή του εργασία, Η ταινία ως μαρτυρία, μια μελέτη των τριών τελευταίων ταινιών των Σιρίλ Κολάρ, Αντρέι Ταρκόφσκι και Γιόρις Ίβενς εκδόθηκε στη Βιέννη. Παραδίδει μαθήματα κινηματογράφου σε Ευρώπη και Αμερική. Τα τελευταία δύο ντοκιμαντέρ του απέσπασαν δώδεκα διεθνή κινηματογραφικά βραβεία. Ως ηθοποιός έπαιξε σε αρκετές μικρού μήκους και σε δύο μεγάλου μήκους ταινίες, στο Im Kreis der Iris (1992) του Πέτερ Πάτζακ και στο Blaue Ferne (1994) του Πέτερ Σράινερ.
Φιλμογραφία
1993 On the Road with Emil/ Στο δρόμο με τον Έμιλ (μμ)
1994 Also schlafwandle ich am hellichten Tage/ Έτσι υπνοβατώ μέρα μεσημέρι (μυθοπλασία)
1995 Lomographer's moscow (μμ)
1998 Kisangani tagebuch/ Το ημερολόγιο του Κισανγκάνι
2001 Seules avec nos histoires/ Μόνες με τις ιστορίες μας
2004 Darwin’s Nightmare/ Ο εφιάλτης του Δαρβίνου
2014 We Come as friends/ Ερχόμαστε εν ειρήνη
